La Misión Explosiva incluye una misión completamente nueva con la aparición de un cameo especial de uno de los personajes que aparecieron en el original DEUS EX, junto al Dispositivo de Apertura Automática, el Dispositivo de Detonación Remota de Explosivos M-28 (UR-DED) y el lanzagranadas de múltiples disparos Linebacker G-87.
La Edición Augmented incluye la misma misión exclusiva del contenido descargable Misión Explosiva, 10.000 créditos extra para comprar o actualizar armas, además de la Escopeta de Doble Cañón Huntsman Silverback, el rifle francotirador con silenciador SERSR Longsword Whisperhead, el lanzagranadas de múltiples disparos Linebacker G-87, el Dispositivo de Apertura Automática y el Dispositivo de Detonación Remota de Explosivos M-28 (UR-DED). Si esto no fuera suficiente, la Edición Augmented incluye también un DVD con contenidos exclusivos como un making of del juego de 44 minutos, la banda Sonora del juego, un comic animado (adaptado de la serie oficial de DC) además del tráiler de la pasada Feria E3 y el storyboard (guión gráfico) animado, y un libro de arte de 40 páginas.