Gracias por la ayuda Carlos!, pero si intente ese programa y no me sirvio... bueno lo que sucedia es que el archivo sale 3 veces mas grande y ademas sin sonido.

Lo resolvi de otra manera mucho mas simple. Con un tuto que encontre por la red donde descomprimia todo lo que tenia el matroska (mkv) a el video (avi, sin sonido), a los archivos de sonido (ogg) y a los subs (srt). Ya despues le insertaba el sonido con otro programa. Pero lo bueno es que todos los programas era freeware y si funcionaban.

Ah y bak pues la verdad solo comento, rara vez me veras enojado realmente. Si de por si no me enojo tan facilmente en la vida real, menos a traves de la red.

Ahi si llegan a tener dudas de este formato les puedo ayudar.
Saludos