Alex Shepherd es gay.

Las imágenes que faltan de Alex en las paredes de su casa, así como también (y especialmente) la cinta de cassette son las principales pruebas de esto. Particularmente habla de que a pesar de que Adam confienza que deliberadamente crío a Alex como una simple rutina, él especificamente le dice a Josh que no quiere que "sea como Alex" cuando sea mayor. Claramente, Adam descubrió a Alex con otro hombre o sospechó de su sexualidad durante la escuela secundaria, y las imágenes que faltan, etc. no fueron un síntoma del ritual arruinado, sino porque viven en un pueblo chico, una típica pequeña comunidad estadounidense conservadora, donde alguien "diferente" causaría revuelo.

Es ciertamente una explicación posible para los insensatos pero muy gráficos toques de sexualidad presentes en todo el juego, así como también para explicar parte de la culpa interna que siente el protagonista (algo recurrente en cada juego de la saga).
Los elementos románticos con Elle son insignificantes porque ella no es su interés románticos, solo su mejor amiga. Relaciona esto con Alex "uniéndose al ejército": para probar (al menos en su subconsciente) a su padre que aún es un hombre.

Y los monstruos... el Schism cobra sentido, considerando que su cabeza es un falo gigante abierto a la mitad; el Lurker también sugiere esto, con su rostro representando una vagina dentada, una clara alución a la ginofobia. Incluso la estereotípica enfermera con sus grandes pechos tiene sentido si uno considera el diario de Alex canónico, su repentino, superficial y corto comentario sobre ellas es algo que el típico soldado "en el closet" diría para mantener firme su supuesta heterosexualidad. Luego el Siam, que representa claramente como el hombre reprime a la mujer... ¿la madre de Alex claramente subordinada a su marido, la frustración sexual respecto a Elle -lo cual puede cuadrad en esta teoría- o Alex intentando reprimir su sexualidad?

Esto también explicaría porque los padres de Alex lo eligieron a él para el ritual, porque no continuaría el linaje familiar al no reproducirse, algo más lógico que simplemente haber hechado la moneda a cara o cruz para ver a cual de los dos hijos sacrificarían.

Como último, cabe destacar que los personajes de la saga siempre hacen alusión a algún personaje de la vida real... ¿Matthew Shepard? (http://es.wikipedia.org/wiki/Matthew_Shepard)