Por otro lado, los jugadores tendrán otro tanto de misiones alternativas, estarán las tÃpicas de ladrones, mercenarios o cortesanas. A esto le podremos sumar las especiales de Leonardo da Vinci, que en esta ocasión pasará a un plano más secundario de la historia. Él nos pedirá encontrar planos de inventos suyos que han caÃdo en manos de los Borgia, destruirlos junto al invento en sÃ. Por supuesto lo que no podrÃa faltar era la parte de recolección de objetos, tendremos una buena cantidad sólo con los estandartes Borgia, a ellos les sumamos las plumas y los glifos del sujeto 16. Además de subir todas las atalaya, matar a los capitanes de las torres Borgia para posteriormente prenderlas fuego y liberar una zona de su dominio, combatir en peleas clandestinas son algunos ejemplos más. Novedad importante es el poder salir del Animus e investigar el mundo real, algo que antes no podÃa hacerse pero ahora sÃ.
Otra novedad importante será la creación de nuestra Hermandad de Asesinos. No estará disponible desde el principio, sino que será parte de la historia, desde que la tengamos nos será muy útil en las misiones, sobre todo porque nos dará mucha más eficacia y rápidez, pero vamos a profundizar un poco más en ella. Como hemos mencionado, en un momento del tÃtulo podremos empezar a reclutar aldeanos, saldrán de forma aleatoria en el mapa de Roma, los recataremos de los soldados Borgia y se unirán a nosotros como muestra de agradecimiento y alzamiento contra la opresión que están sufriendo. Nuestro número de asesinos podrá ir aumentando a razón de torres Borgia quemadas, de esta manera tendremos la posibilidad de usarlos de varias maneras, la habitual y primera será llamarles para que nos ayuden en la batalla, pero con movimientos más avanzados harán una lluvia de flecha eliminando a todos los enemigos a la vez de una forma muy silenciosa.