La vivaz Asuka, nieta del director Hanzô, va a clase con un grupo de compañeras de lo más particulares. Desde la estricta Ikaruga hasta la pervertida Katsuragi, viviremos el dÃa a dÃa de las chicas, combinando clases y otras vivencias con misiones de ayuda a los vecinos. Sin embargo, una sombra se cierne sobre Japón, ya que esta academia no es la única con un curso especial. No muy lejos de aquà está la academia Hebijô, donde se instruyen las más feroces ninjas al servicio del mal. Encima, su principal estudiante, Homura, parece haberse obsesionado con Asuka, y quiere acabar con las shinobi por algún motivo oculto.
El juego Senran Kagura original era bastante diferente a lo que es Burst Re:newal, y menos mal. Mientras que en el original el juego se basaba en ir completando diferentes misiones, por lo general de poca duración, compuestas por varios niveles de scroll lineal donde acabar con todos los enemigos que se nos echaran encima, este nuevo juego aprovecha la evolución de la saga para ponerse al dÃa.